中华人民共和国厦门出入境边防检查总站是根据国函199776号《国务院关于北京等九城市边防检查职业化改革试点的批复》,由武警边防现役制改为职业制人民警察,于1998年7月1日正式成立,为正厅级建制,实行公安部垂直领导的管理体制。总站机关内设办公室、政治处、督察处、后勤处、边检处、技术处等6个部门,下设培训中心、遣返审查所、服务中心等3个直属单位。总站下辖东渡、高崎、海沧、同益4个出入境边防检查站。其中,东渡边检站担负同益、东渡、海天、象屿、石湖山、国贸、现代、刘五店等8个货运码头国际航行船舶及其人员的出入境边防检查任务;高崎边检站担负高崎国际机场国际航班和两岸空中直航航班及其人员的出入境边防检查任务;海沧边检站担负马銮、博坦、嵩屿、国际货柜、海润、石湖山(煤)、海澳、海鸿、厦船重工、唐龙游艇、华夏电力、翔鹭等12个货运码头国际航行船舶及其人员的出入境边防检查任务;同益边检站担负厦门国际邮轮中心暨厦金客运码头、五通海空联运码头等两个海港客运码头厦金(台)直航客轮、大型邮轮及其人员的出入境边防检查任务。